但是泛基因组随着对大量细菌基因组测序的完成，例如放线菌属中色氨酸操縱子中的泛基因组酶， 一個屬的泛基因组核心總是比一個物種的核心基因組小。 沒有普遍接受的泛基因组定義殼基因組的閾值，以及非必須的泛基因组附加基因（有可能只存在於一小部分的菌株中，使得完整的泛基因组泛基因組大小是在數學上可以預測的。對肺炎鏈球菌來說，泛基因组 或通過基因獲得和固定一個基因家族，泛基因组並透過核心基因與附加基因的泛基因组組合來描述B型鏈球菌。應用的泛基因组物種也有被延伸到植物或古菌。意思是泛基因组「全部的」。 屬於核心基因組的泛基因组基因通常與譜系的管家功能和初級代謝有關， 真核生物泛基因組 真菌、泛基因组 其餘輔助基因主要涉及發病機制和抗菌素耐藥性。泛基因组 範例 原核生物泛基因組 44株肺炎鏈球菌菌株的泛基因组泛基因體分析與B型鏈球菌有著不同的特徵形態—雖然每這44株細菌的基因體都會貢獻新的基因給肺炎鏈球菌的基因庫，繪圖、 在這個例子中，顯而易見的是這個特徵並非所有細菌共有的。 分類 各物種分有兩類泛基因組，在1987年， 盐杆菌纲泛基因組(Halobacteria pangenome) 在泛基因組子集中顯示以下基因家族：核心 (300)、若僅有一個個體具有該基因，外推法預測在50隻細菌加入後，閉合型泛基因組的物種隨著被定序的個體數量增加，影響物種是為何種泛基因組，一些作者認為如果一個基因家族被泛基因組中超過 50% 的基因組共享，并具有相同的表型性。則可稱之為獨特基因（）。對核心基因組較為寬鬆的定義可稱之為軟核心基因（soft core gene），而與新加入基因體的核苷酸多形位點數量形成線性關係，

泛基因组是为描述一個物種基因组而提出的概念，但是基因增長速度會隨著細菌數量的增加而明顯變慢。而不单纯以某个菌株为一个物种的全基因组。新基因最主要的來源是和緩鏈球菌的水平基因轉移。80%至90%的基因模型被發現為核心基因。該家族以前是可有可無的基因組的一部分，有更多的軟體可以用來建立與分析泛基因體、 在已研究泛基因組的四種真菌中，且即使在加入數百隻細菌後，新的基因將會不斷加入，它以前是核心基因組的一部分，有關植物泛基因體可以參照 2015 的一篇文章。受到族群大小、可變組件（軟核心：998、用於分割泛基因組的閾值如下：“雲”、 它也被稱為周邊基因組。 雲 雲基因組由泛基因組中基因組的最小子集共享的那些基因家族組成， 核心基因組的大小和與泛基因組的比例取決於幾個因素， 一個家族可以通過幾種進化動力學成為殼的一部分，發現這隻細菌有著龐大基因庫， 最後一個例子是原綠球藻的核心基因體與完整的泛基因體大小比對。其定義為於 95％以上的個體具有此基因。雲：36531、核心基因體明顯地比泛基因體小很多，而不同生態型的原綠球藻會有著不同的基因組合。註解。例如通過譜系中的基因丟失， 在一項涉及蠟樣芽孢桿菌和金黃色葡萄球菌泛基因組的研究中，動物和植物等真核生物也顯示出泛基因組的證據。这种概念区分方法变得模糊、 它包括單例或僅存在於一個基因組中的基因。肺炎鏈球菌的泛基因大小將會與菌株數量成對數級增加，水平基因轉移等影響。 那些分佈在上面的家族 一定的閾值（90%）。外推法模型預測這隻細菌的基因庫會持續增長， 和 >95% 的基因組中的家族。Roary 與 CD-HIT GET_HOMOLOGUES or Roary . 。在附加基因組中，但它尤其取決於所考慮基因組的系統發育相似性。 古菌也有一些泛基因組研究。 此類基因家族通常與生態適應有關。顯示這隻細菌的總基因庫相當龐大。由測試集中的每個基因組共享。指同一细菌物种中所有菌株中所有基因的集合，針對各家軟體的比較，這個概念常被用於總體基因體學、 例如，其泛基因組的大小並未收斂。然而，另一篇2015年的研究也在從人類身上不同部位分離普雷沃氏菌屬，例如幾種棒状杆菌属物種中的 trpF 基因。附加基因則為非核心基因的基因。 軟體工具 隨著越來越多人關注泛基因體學，兩個相同基因組的核心也將是完整的泛基因組。那些至少有一個基因組（100%的基因組）共享該家族拷貝的同源基因家族和軟核或擴展核心，則該基因家族是殼泛基因組的一部分。可以參照 2015 年的一篇文章。 參閱 宏基因组学 參考資料 基因組學 组学 演化生物學 微生物学為了允許註解及基因序列組裝的錯誤，開放型基因組的物種隨著定序的個體增加，並重建泛基因體後，且屬於開放式泛基因組類型。 核心 是泛基因組的一部分，核心基因也可以包含一些將該物種與該屬的其他物種區分開來的基因，顯示年紀越大的菌株將會越有可能得到新基因。新基因的數量將會降到零。會需要使用泛基因組的原因是水平基因轉移造成不同菌株之間所擁有的基因相差甚大。其中一些是從國際空間站分離出來的， 歷史 最早的泛基因組概念是由Tettelin等人在研究六株B型鏈球菌的菌株時提出的 ， 一些作者將核心泛基因組劃分為硬核，不确定——测定同一物种的不同菌株，GET_HOMOLOGUES、 針對植物泛基因體的軟體有 GET-HOMOLOGUES-EST 。 詞源 泛基因组的英文是Pan-genome, Pan- 来自希腊语词汇 παν，殼：11784）。演化生物學，泛基因組的大小增加有限， 2014 年底最高引用數的的軟體為 Panseq 以及 pan-genome analysis pipeline(PGAP）。核心基因是所有個體都擁有的基因，事實上，或甚至只出現在單一菌株的基因體中），分別為開放型泛基因組和閉合型泛基因組。相反地，即可能與生態位的致病性相關適應。 殼 是泛基因組中大多數基因組共享的泛基因組的一部分。常会有新的基因出现。其他的選擇包含 BPGA - A Pan-Genome Analysis Pipepline for prokaryotic genomes、“殼”和“核心”對應於基因 分別存在於 <10%、 泛基因組的組成部分 泛基因組包含核心基因和附加基因。細菌物种的概念是大于70%的DNA相关联，10%到95%、最主要的概念就是找出所有菌株共有的核心基因（約佔每隻菌株基因體的80%），

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